El Convenio de Cooperación Educativa y Cultural (firmado en 1998) sienta las bases de las relaciones educativas entre Hungría y México. A raíz de este Convenio las partes revisan y evalúan las actividades y áreas de colaboración por medio de una Comisión Mixta de Cooperación Educativa y Cultural. La implementación se lleva a cabo en forma de Programas de Cooperación con vigencia de 3 años.
Un ámbito importante y exitoso de la cooperación bilateral en la educación superior son los programas de becas. México forma parte del Programa de becas del Gobierno Húngaro llamado Stipendium Hungaricum desde 2015. A base del acuerdo entre las Partes, Hungría ofrece un cupo anual de 40 becas para estudiantes mexicanos en el marco del Programa Stipendium Hungaricum, mientras que México proporciona 5 plazas en su Programa de Becas de Excelencia para Extranjeros.
Además del Programa Stipendium Hungaricum, buque insignia de las becas húngaras, Hungría -en el marco de su cooperación con la Alianza del Pacífico (AdP)- ofrece anualmente 2 becas para México para cursar estudios de hidrología (estudios sobre el agua), agricultura y medio ambiente.
De acuerdo con el Convenio Bilateral entre Hungría y México también se brinda, por parte de Hungría, un cupo anual de 60 meses para programas de posgrado/posdoctorado e investigación (con duración de 3 a 10 meses).
Aunado a la cooperación estatal, diversas universidades húngaras disponen de acuerdos con instituciones de educación superior mexicanas sobre temas de movilidad académico y estudiantil.
