Oktatási kapcsolataink intézményes keretét az 1998-ban aláírt Oktatási és kulturális együttműködési kormányközi egyezmény adja, amely alapján a két fél Oktatási és Kulturális Vegyes Bizottság (OKVB) útján tekinti át és értékeli az egyezményben megfogalmazott tevékenységeket és területeket. A konkrét együttműködés megvalósítása hároméves együttműködési programok alapján történik.
Felsőoktatási kapcsolataink fontos és sikeres területe az ösztöndíjprogramok. Mexikó 2015 óta vesz részt a Stipendium Hungaricum (SH) magyar állami ösztöndíjprogramban, a két fél közötti megállapodás alapján Magyarország évi 40 mexikói fiatal számára ajánl fel ösztöndíjat a SH-program keretén belül, míg Mexikó 5 fős keretet tart fent a magyar diákoknak a külföldieknek szóló kiválósági ösztöndíjprogramjában.
A zászlóshajó programnak számító SH-ösztöndíjon túlmenően Magyarország - a Csendes-óceáni Szövetséggel (Pacific Alliance) való együttműködés keretében - kétfős keretet biztosít mexikói diákoknak a vízügyi, agrár és környezetvédelmi területeken való tanulmányok folytatására.
A két ország közötti kormányközi egyezmény alapján a magyar fél továbbá évi 60 hónapos keretet biztosít mexikói kutatók számára 3-10 hónapos posztgraduális képzés, illetve kutatói tanulmányút folytatására.
Az államközi kapcsolatok mellett több hazai egyetem rendelkezik kétoldalú együttműködési megállapodással mexikói felsőoktatási intézményekkel hallgatói/kutatói mobilitás témájában.
